В клетках эукариот (животных, растений и грибов) ДНК находится в ядре клетки в составе хромосом, а также в некоторых клеточных органоидах (митохондриях и пластидах). В клетках прокариотических организмов (бактерий и архей) кольцевая или линейная молекула ДНК, так называемый нуклеоид, прикреплена изнутри к клеточной мембране. У них и у низших эукариот (например, дрожжей) встречаются также небольшие автономные, преимущественно кольцевые молекулы ДНК, называемые плазмидами. Кроме того, одно- или двухцепочечные молекулы ДНК могут образовывать геном ДНК-содержащих вирусов.
С химической точки зрения ДНК — это длинная полимерная молекула, состоящая из повторяющихся блоков — нуклеотидов. Каждый нуклеотид состоит из азотистого основания, сахара (дезоксирибозы) и фосфатной группы. Связи между нуклеотидами в цепи образуются за счёт дезоксирибозы и фосфатной группы (фосфодиэфирные связи). В подавляющем большинстве случаев (кроме некоторых вирусов, содержащих одноцепочечную ДНК) макромолекула ДНК состоит из двух цепей, ориентированных азотистыми основаниями друг к другу. Эта двухцепочечная молекула закручена по винтовой линии. В целом структура молекулы ДНК получила традиционное, но ошибочное название «двойной спирали», на самом же деле она является «двойным винтом». Винтовая линия может быть правой (A- и B-формы ДНК) или левой (Z-форма ДНК).
В ДНК встречается четыре вида азотистых оснований (аденин, гуанин, тимин и цитозин). Азотистые основания одной из цепей соединены с азотистыми основаниями другой цепи водородными связями согласно принципу комплементарности: аденин соединяется только с тимином, гуанин — только с цитозином. Последовательность нуклеотидов позволяет «кодировать» информацию о различных типах РНК, наиболее важными из которых являются информационные, или матричные (мРНК), рибосомальные (рРНК) и транспортные (тРНК). Все эти типы РНК синтезируются на матрице ДНК за счёт копирования последовательности ДНК в последовательность РНК, синтезируемой в процессе транскрипции, и принимают участие в биосинтезе белков (процессе трансляции). Помимо кодирующих последовательностей, ДНК клеток содержит последовательности, выполняющие регуляторные и структурные функции. Кроме того, в геноме эукариот часто встречаются участки, принадлежащие «генетическим паразитам», например, транспозонам.
Расшифровка структуры ДНК (1953 г.) стала одним из поворотных моментов в истории биологии. За выдающийся вклад в это открытие Фрэнсису Крику, Джеймсу Уотсону и Морису Уилкинсу была присуждена Нобелевская премия по физиологии или медицине 1962 г. Розалинд Франклин, которая получила рентгенограммы, без которых Уотсон и Крик не имели бы возможность сделать выводы о структуре ДНК, умерла в 1958 г. от рака (Нобелевскую премию не дают посмертно).
Русский[править]
Тип и синтаксические свойства сочетания[править]
де—зо—ксѝ—ри—бо—ну—кле·и́—но—ва·я кис—ло—та́
Устойчивое сочетание (термин). Используется в качестве именной группы.
Произношение[править]
- МФА: ед. ч. [dʲɪzɐˌksʲirʲɪbənʊklʲɪˈinəvəɪ̯ə kʲɪsɫɐˈta] мн. ч. [dʲɪzɐˌksʲirʲɪbənʊklʲɪˈinəvɨɪ kʲɪˈsɫotɨ]
Семантические свойства[править]
Значение[править]
- генет., биохим. высокополимерное природное соединение, нуклеиновая кислота, содержащееся в ядрах клеток живых организмов, носитель генетической информации, отдельные участки которого соответствуют определенным генам ◆ Отсутствует пример употребления (см. рекомендации).
Синонимы[править]
- ДНК
Антонимы[править]
- —
Гиперонимы[править]
- нуклеиновая кислота; полинуклеотид
Гипонимы[править]
- комплементарная ДНК, митохондриальная ДНК, плазмида
Этимология[править]
Перевод[править]
Список переводов | |
|
Библиография[править]
- Новые слова и значения. Словарь-справочник по материалам прессы и литературы 60-х годов / Под редакцией Н. З. Котеловой и Ю. С. Сорокина. — М. : Советская энциклопедия, 1971.
Так что же это такое ДНК? Школьный курс биологии даёт представление студентам, что ДНК – это нить в форме спирали, вернее 2 нити в неё закрученные. Расшифровывается «такая спираль», как дезоксирибонуклеиновая кислота. Многие ещё со школьной скамьи ассоциируют аббревиатуру днк человека и её расшифровку не только с самой спиралью, а и с термином «ген», но верно ли это? И как возникла возможность для человечества проникнуть в тайны генома? Об этом в подробностях можно узнать ниже.
История открытия
Саму молекулу ДНК (нуклеин), как составную часть ядра живой клетки, случайно открыл ещё в 1869 году швейцарский врач, биолог И.Ф.Мишер. При этом её роль, функции и структура оставалась неизвестной, до опытов 1953 года, когда структура ДНК была расшифрована двумя учёнными. Как всегда, в этой области лидировала Великобритания и Америка – Ф.Крик и Д.Уотсон. А само «открытие» увидело свет в Англии, в знаменитом институте Кембридж, лаборатории Кавендиш, где американец Д.Уотсон проходил стажировку, будучи начинающим двадцатичетырёхлетним биологом, увлекавшимся идеей раскрыть секрет ДНК.
В то время молодой Д.Уотсон накопил немало данных, которые считал убедительными (хотя так считали не все его коллеги). Учёный предполагал, что ДНК является носителем генетической информации. Именно в Кавендишской лаборатории состоялась встреча Д.Уотсона и Ф.Крика, такого же увлечённого молодого биолога с аналогичной идеей. Два исследователя быстро сдружились на этой почве, часто обсуждая возможность расшифровки тайны гена через раскрытие структуры молекулы ДНК. При этом оставалась нерешённая проблема: теоретически исследователи обладали отличной информацией, но не имели доступа к лаборатории и возможности проводить опыты.
Такие эксперименты проводились совсем в другой великобританской лаборатории – Королевского колледжа. Занималась этим анализом Р.Франклин – специалист по рентгеноструктурному анализу, которая в дальнейшем сыграла ключевую роль по раскрытию структуры ДНК вместе с Д.Уотсоном и Ф.Криком.
Р.Франклин была не первой, кто работал над структурой ДНК через снимки рентгена, но её успешно удалось сделать шаг в верном направлении – изучить не кристаллы, а волокна ДНК. При этом она столкнулась с трудностью воспроизводимости результатов из трудночитаемых фото.
Выдающийся шаг Р.Франклин был в изменении параметров фотокамеры – регулирования влажности образцов для снимков. При этом, она действительно обнаружила, что при высокой влажности картина рассеяния совсем другая, чем при низкой. И поняла, что наблюдает две формы ДНК, при этом у неё совсем не хватало времени на то, чтобы расшифровать и осмыслить фото с рентгена, где она увидела действительно важные вещи из структуры ДНК. В то время эта информация уже была известна Д.Уотсону и Ф.Крику, но Р.Франклин не желала вмешательства посторонних в свои исследования.
Д.Уотсону и Ф.Крику снимок рентгена попал не совсем законным путем, и они опередили Р.Франклин в её исследованиях, поняв и верно интерпретировав основную структуру молекулы ДНК. А в последующем Д.Уотсон описал все эксперименты в книге «Двойная спираль».
Так было сделано самое выдающееся открытие в истории биологии и медицины. И в истории науки вообще, за которое Д.Уотсон и Ф.Крик получили Нобелевскую премию в 1962 году. Р.Франклин до неё не дожила, умерши от рака в 1958 году.
С момента публикации – 25.04.1953 года начался отсчёт новой эры в истории человечества – эры ДНК. Когда весь мир получил двойную спиральную структуру соли выделенной и очищенной ДНК, узнал, что всё живое состоит из инструкций в генетических молекулах, в последовательности всего двух звеньев 4-х букв – А – адеин, Т – тимин, G – гуанин и C – цитозин, в очень длинной двойной спирали Ø 2 нанометра.
В дальнейшем, исследования продолжались множеством учёных (включая новую науку – геномику) и с нынешними технологиями вышли на небывалую высоту, которая дала возможность медикам эффективно вмешиваться в процессы жизни на всех уровнях: в микроорганизмах, в высших организмах, и в самом человеке.
Структура ДНК (двойная спираль). Различные атомы в структуре показаны в разных цветах; детальная структура двух пар оснований показана снизу справа
Дезоксирибонуклеи́новая кислота́ (ДНК) — макромолекула (одна из трёх основных, две другие — РНК и белки), обеспечивающая хранение, передачу из поколения в поколение и реализацию генетической программы развития и функционирования живых организмов.
Молекула ДНК хранит биологическую информацию в виде генетического кода, состоящего из последовательности нуклеотидов[1].
ДНК содержит информацию о структуре различных видов РНК и белков.
В клетках эукариот (животных, растений и грибов) ДНК находится в ядре клетки в составе хромосом, а также в некоторых клеточных органеллах (митохондриях и пластидах). В клетках прокариотических организмов (бактерий и архей) кольцевая или линейная молекула ДНК, так называемый нуклеоид, прикреплена изнутри к клеточной мембране. У них и у низших эукариот (например, дрожжей) встречаются также небольшие автономные, преимущественно кольцевые молекулы ДНК, называемые плазмидами. Кроме того, одно- или двухцепочечные молекулы ДНК могут образовывать геном ДНК-содержащих вирусов.
С химической точки зрения ДНК — это длинная полимерная молекула, состоящая из повторяющихся блоков — нуклеотидов. Каждый нуклеотид состоит из азотистого основания, сахара (дезоксирибозы) и фосфатной группы. Связи между нуклеотидами в цепи образуются за счёт дезоксирибозы и фосфатной группы (фосфодиэфирные связи). В подавляющем большинстве случаев (кроме некоторых вирусов, содержащих одноцепочечную ДНК) макромолекула ДНК состоит из двух цепей, ориентированных азотистыми основаниями друг к другу. Эта двухцепочечная молекула закручена по винтовой линии. В целом структура молекулы ДНК получила традиционное, но ошибочное название «двойной спирали», на самом же деле она является «двойным винтом». Винтовая линия может быть правой (A- и B-формы ДНК) или левой (Z-форма ДНК)[2].
В ДНК встречается четыре вида азотистых оснований (аденин (A), гуанин (G), тимин (T) и цитозин (C)). Азотистые основания одной из цепей соединены с азотистыми основаниями другой цепи водородными связями согласно принципу комплементарности: аденин (A) соединяется только с тимином (T), гуанин (G) — только с цитозином (C). Последовательность нуклеотидов позволяет «кодировать» информацию о различных типах РНК, наиболее важными из которых являются информационные, или матричные (мРНК), рибосомальные (рРНК) и транспортные (тРНК). Все эти типы РНК синтезируются на матрице ДНК за счёт копирования последовательности ДНК в последовательность РНК, синтезируемой в процессе транскрипции, и принимают участие в биосинтезе белков (процессе трансляции). Помимо кодирующих последовательностей, ДНК клеток содержит последовательности, выполняющие регуляторные и структурные функции. Кроме того, в геноме эукариот часто встречаются участки, принадлежащие «генетическим паразитам», например, транспозонам.
Расшифровка структуры ДНК (1953 год) стала одним из поворотных моментов в истории биологии. За выдающийся вклад в это открытие Фрэнсису Крику, Джеймсу Уотсону и Морису Уилкинсу была присуждена Нобелевская премия по физиологии или медицине 1962 года. Розалинд Франклин, которая получила рентгенограммы, без которых Уотсон и Крик не имели бы возможность сделать выводы о структуре ДНК, умерла в 1958 году от рака (Нобелевскую премию не дают посмертно)[3].
Содержание
- 1 История изучения
- 2 Структура молекулы
- 2.1 Нуклеотиды
- 2.2 Двойная спираль
- 2.3 Образование связей между основаниями
- 2.4 Химические модификации оснований
- 2.5 Повреждения ДНК
- 2.6 Суперскрученность
- 2.7 Структуры на концах хромосом
- 3 Биологические функции
- 3.1 Структура генома
- 3.2 Последовательности генома, не кодирующие белок
- 3.3 Транскрипция и трансляция
- 3.4 Репликация
- 4 Взаимодействие с белками
- 4.1 Структурные и регуляторные белки
- 4.2 Ферменты, модифицирующие ДНК
- 4.2.1 Топоизомеразы и хеликазы
- 4.2.2 Нуклеазы и лигазы
- 4.2.3 Полимеразы
- 5 Генетическая рекомбинация
- 6 Эволюция метаболизма, основанного на ДНК
- 7 См. также
- 8 Примечания
- 9 Литература
- 10 Ссылки
История изучения
ДНК как химическое вещество была выделена Иоганном Фридрихом Мишером в 1869 году из остатков клеток, содержащихся в гное. Он выделил вещество, в состав которого входят азот и фосфор. Вначале новое вещество получило название нуклеин, а позже, когда Мишер определил, что это вещество обладает кислотными свойствами, вещество получило название нуклеиновая кислота[4]. Биологическая функция новооткрытого вещества была неясна, и долгое время ДНК считалась запасником фосфора в организме. Более того, даже в начале XX века многие биологи считали, что ДНК не имеет никакого отношения к передаче информации, поскольку строение молекулы, по их мнению, было слишком однообразным и не могло содержать закодированную информацию.
Постепенно было доказано, что именно ДНК, а не белки, как считалось раньше, является носителем генетической информации. Одно из первых решающих доказательств принесли эксперименты Освальда Эвери, Колина Маклауда и Маклина Маккарти (1944 г.) по трансформации бактерий. Им удалось показать, что за так называемую трансформацию (приобретение болезнетворных свойств безвредной культурой в результате добавления в неё мёртвых болезнетворных бактерий) отвечает выделенная из пневмококков ДНК. Эксперимент американских учёных Алфреда Херши и Марты Чейз (эксперимент Херши — Чейз, 1952 г.) с помеченными радиоактивными изотопами белками и ДНК бактериофагов показали, что в заражённую клетку передаётся только нуклеиновая кислота фага, а новое поколение фага содержит такие же белки и нуклеиновую кислоту, как исходный фаг[5].
Вплоть до 50-х годов XX века точное строение ДНК, как и способ передачи наследственной информации, оставалось неизвестным. Хотя и было доподлинно известно, что ДНК состоит из нескольких цепочек, состоящих из нуклеотидов, никто не знал точно, сколько этих цепочек и как они соединены.
В результате работы группы биохимика Эрвина Чаргаффа в 1949—1951 гг. были сформулированы так называемые правила Чаргаффа. Чаргаффу и сотрудникам удалось разделить нуклеотиды ДНК при помощи бумажной хроматографии и определить точные количественные соотношения нуклеотидов разных типов. Соотношение, выявленное для аденина (А), тимина (Т), гуанина (Г) и цитозина (Ц), оказалось следующим: количество аденина равно количеству тимина, а гуанина — цитозину: А=Т, Г=Ц[6][7]. Эти правила, наряду с данными рентгеноструктурного анализа, сыграли решающую роль в расшифровке структуры ДНК.
Структура двойной спирали ДНК была предложена Френсисом Криком и Джеймсом Уотсоном в 1953 году на основании рентгеноструктурных данных, полученных Морисом Уилкинсом и Розалинд Франклин, и правил Чаргаффа[8]. Позже предложенная Уотсоном и Криком модель строения ДНК была доказана, а их работа отмечена Нобелевской премией по физиологии или медицине 1962 г. Среди лауреатов не было скончавшейся к тому времени от рака Розалинд Франклин, так как премия не присуждается посмертно[9].
Интересно, что в 1957 году американцы Александер Рич, Гэри Фелзенфелд и Дэйвид Дэйвис описали нуклеиновую кислоту, составленную тремя спиралями[10]. А в 1985—1986 годах Максим Давидович Франк-Каменецкий в Москве показал, как двухспиральная ДНК складывается в так называемую H-форму, составленную уже не двумя, а тремя нитями ДНК[11][12].
Структура молекулы
Нуклеотиды
Структуры оснований в составе ДНК
Дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) представляет собой биополимер (полианион), мономером которого является нуклеотид[13][14].
Каждый нуклеотид состоит из остатка фосфорной кислоты, присоединённого по 5′-положению к сахару дезоксирибозе, к которому также через гликозидную связь (C—N) по 1′-положению присоединено одно из четырёх азотистых оснований.
Именно наличие характерного сахара и составляет одно из главных различий между ДНК и РНК, зафиксированное в названиях этих нуклеиновых кислот (в состав РНК входит сахар рибоза)[15]. Пример нуклеотида — аденозинмонофосфат, у которого основанием, присоединённым к фосфату и рибозе, является аденин (A) (показан на рисунке).
Исходя из структуры молекул, основания, входящие в состав нуклеотидов, разделяют на две группы: пурины (аденин [A] и гуанин [G]) образованы соединёнными пяти- и шестичленным гетероциклами; пиримидины (цитозин [C] и тимин [T]) — шестичленным гетероциклом[16].
В виде исключения, например, у бактериофага PBS1, в ДНК встречается пятый тип оснований — урацил ([U]), пиримидиновое основание, отличающееся от тимина отсутствием метильной группы на кольце, обычно заменяющее тимин в РНК[17].
Следует отметить, что тимин (T) и урацил (U) не так строго приурочены к ДНК и РНК соответственно, как это считалось ранее. Так, после синтеза некоторых молекул РНК значительное число урацилов в этих молекулах метилируется с помощью специальных ферментов, превращаясь в тимин. Это происходит в транспортных и рибосомальных РНК[18].
Двойная спираль
В зависимости от концентрации ионов и нуклеотидного состава молекулы, двойная спираль ДНК в живых организмах существует в разных формах. На рисунке представлены формы A, B и Z (слева направо)
Полимер ДНК обладает довольно сложной структурой. Нуклеотиды соединены между собой ковалентно в длинные полинуклеотидные цепи. Эти цепи в подавляющем большинстве случаев (кроме некоторых вирусов, обладающих одноцепочечными ДНК-геномами) попарно объединяются при помощи водородных связей во вторичную структуру, получившую название двойной спирали[8][15].
Остов каждой из цепей состоит из чередующихся фосфатов и сахаров[19]. Внутри одной цепи ДНК соседние нуклеотиды соединены фосфодиэфирными связями, которые формируются в результате взаимодействия между 3′-гидроксильной (3’—ОН) группой молекулы дезоксирибозы одного нуклеотида и 5′-фосфатной группой (5’—РО3) другого. Асимметричные концы цепи ДНК называются 3′ (три прайм) и 5′ (пять прайм). Полярность цепи играет важную роль при синтезе ДНК (удлинение цепи возможно только путём присоединения новых нуклеотидов к свободному 3′-концу).
Как уже было сказано выше, у подавляющего большинства живых организмов ДНК состоит не из одной, а из двух полинуклеотидных цепей. Эти две длинные цепи закручены одна вокруг другой в виде двойной спирали, стабилизированной водородными связями, образующимися между обращёнными друг к другу азотистыми основаниями входящих в неё цепей. В природе эта спираль, чаще всего, правозакрученная. Направления от 3′-конца к 5′-концу в двух цепях, из которых состоит молекула ДНК, противоположны (цепи «антипараллельны» друг другу).
Ширина двойной спирали составляет от 22 до 24 Å, или 2,2—2,4 нм, длина каждого нуклеотида 3,3 Å (0,33 нм)[20]. Подобно тому, как в винтовой лестнице сбоку можно увидеть ступеньки, на двойной спирали ДНК в промежутках между фосфатным остовом молекулы можно видеть рёбра оснований, кольца которых расположены в плоскости, перпендикулярной по отношению к продольной оси макромолекулы.
В двойной спирали различают малую (12 Å) и большую (22 Å) бороздки[21]. Белки, например, факторы транскрипции, которые присоединяются к определённым последовательностям в двухцепочечной ДНК, обычно взаимодействуют с краями оснований в большой бороздке, где те более доступны[22].
Образование связей между основаниями
Каждое основание на одной из цепей связывается с одним определённым основанием на второй цепи. Такое специфическое связывание называется комплементарным. Пурины комплементарны пиримидинам (то есть способны к образованию водородных связей с ними): аденин образует связи только с тимином, а цитозин — с гуанином. В двойной спирали цепочки также связаны с помощью гидрофобных взаимодействий и стэкинга, которые не зависят от последовательности оснований ДНК[23].
Комплементарность двойной спирали означает, что информация, содержащаяся в одной цепи, содержится и в другой цепи. Обратимость и специфичность взаимодействий между комплементарными парами оснований важна для репликации ДНК и всех остальных функций ДНК в живых организмах.
Так как водородные связи нековалентны, они легко разрываются и восстанавливаются. Цепочки двойной спирали могут расходиться как замок-молния под действием ферментов (хеликазы) или при высокой температуре[24]. Разные пары оснований образуют разное количество водородных связей. АТ связаны двумя, ГЦ — тремя водородными связями, поэтому на разрыв ГЦ требуется больше энергии. Процент ГЦ-пар и длина молекулы ДНК определяют количество энергии, необходимой для диссоциации цепей: длинные молекулы ДНК с большим содержанием ГЦ более тугоплавки[25].
Части молекул ДНК, которые из-за их функций должны быть легко разделяемы, например, ТАТА последовательность в бактериальных промоторах, обычно содержат большое количество А и Т.
Химические модификации оснований
Структура цитозина, 5-метилцитозина и тимина. Тимин может возникать путём деаминирования 5-метилцитозина
Азотистые основания в составе ДНК могут быть ковалентно модифицированы, что используется при регуляции экспрессии генов. Например, в клетках позвоночных метилирование цитозина с образованием 5-метилцитозина используется соматическими клетками для передачи профиля генной экспрессии дочерним клеткам. Метилирование цитозина не влияет на спаривание оснований в двойной спирали ДНК. У позвоночных метилирование ДНК в соматических клетках ограничивается метилированием цитозина в последовательности ЦГ[26]. Средний уровень метилирования отличается у разных организмов, так, у нематоды Caenorhabditis elegans метилирование цитозина не наблюдается, а у позвоночных обнаружен высокий уровень метилирования — до 1 %[27]. Другие модификации оснований включают метилирование аденина у бактерий и гликозилирование урацила с образованием «J-основания» в кинетопластах[28].
Метилирование цитозина с образованием 5-метилцитозина в промоторной части гена коррелирует с его неактивным состоянием[29]. Метилирование цитозина важно также для инактивации Х-хромосомы у млекопитающих[30]. Метилирование ДНК используется в геномном импринтинге[31]. Значительные нарушения профиля метилирования ДНК происходят при канцерогенезе[32].
Несмотря на биологическую роль, 5-метилцитозин может спонтанно утрачивать аминную группу (деаминироваться), превращаясь в тимин, поэтому метилированные цитозины являются источником повышенного числа мутаций[33].
Повреждения ДНК
Интеркалированное химическое соединение, которое находится в середине спирали — бензопирен, основной мутаген табачного дыма[34]
ДНК может повреждаться разнообразными мутагенами, к которым относятся окисляющие и алкилирующие вещества, а также высокоэнергетическая электромагнитная радиация — ультрафиолетовое и рентгеновское излучение. Тип повреждения ДНК зависит от типа мутагена. Например, ультрафиолет повреждает ДНК путём образования в ней димеров тимина, которые возникают при образовании ковалентных связей между соседними основаниями[35].
Оксиданты, такие как свободные радикалы или пероксид водорода, приводят к нескольким типам повреждения ДНК, включая модификации оснований, в особенности гуанозина, а также двухцепочечные разрывы в ДНК[36]. По некоторым оценкам, в каждой клетке человека окисляющими соединениями ежедневно повреждается порядка 500 оснований[37][38]. Среди разных типов повреждений наиболее опасные — это двухцепочечные разрывы, потому что они трудно репарируются и могут привести к потерям участков хромосом (делециям) и транслокациям.
Многие молекулы мутагенов вставляются (интеркалируют) между двумя соседними парами оснований. Большинство этих соединений, например, бромистый этидий, даунорубицин, доксорубицин и талидомид, имеет ароматическую структуру. Для того чтобы интеркалирующее соединение могло поместиться между основаниями, они должны разойтись, расплетая и нарушая структуру двойной спирали. Эти изменения в структуре ДНК мешают транскрипции и репликации, вызывая мутации. Поэтому интеркалирующие соединения часто являются канцерогенами, наиболее известные из которых — бензопирен, акридины, афлатоксин и бромистый этидий[39][40][41]. Несмотря на эти негативные свойства, в силу их способности подавлять транскрипцию и репликацию ДНК, интеркалирующие соединения используются в химиотерапии для подавления быстро растущих клеток рака[42].
Некоторые вещества (цисплатин[43], митомицин C[44], псорален[45]) образуют поперечные сшивки между нитями ДНК и подавляют синтез ДНК, благодаря чему используются в химиотерапии некоторых видов рака (см. Химиотерапия злокачественных новообразований).
Суперскрученность
Если взяться за концы верёвки и начать скручивать их в разные стороны, она становится короче и на верёвке образуются «супервитки». Так же может быть суперскручена и ДНК. В обычном состоянии цепочка ДНК делает один оборот на каждые 10,459 основания, но в суперскрученном состоянии спираль может быть свёрнута туже или расплетена[46]. Выделяют два типа суперскручивания: положительное — в направлении нормальных витков, при котором основания расположены ближе друг к другу; и отрицательное — в противоположном направлении. В природе молекулы ДНК обычно находятся в отрицательном суперскручивании, которое вносится ферментами — топоизомеразами[47]. Эти ферменты удаляют дополнительное скручивание, возникающее в ДНК в результате транскрипции и репликации[48].
Структура теломер. Зелёным цветом показан ион металла, хелатированный в центре структуры[49]
Структуры на концах хромосом
На концах линейных хромосом находятся специализированные структуры ДНК, называемые теломерами. Основная функция этих участков — поддержание целостности концов хромосом[50]. Теломеры также защищают концы ДНК от деградации экзонуклеазами и предотвращают активацию системы репарации[51]. Поскольку обычные ДНК-полимеразы не могут реплицировать 3′ концы хромосом, это делает специальный фермент — теломераза.
В клетках человека теломеры часто представлены одноцепочечной ДНК и состоят из нескольких тысяч повторяющихся единиц последовательности ТТАГГГ[52]. Эти последовательности с высоким содержанием гуанина стабилизируют концы хромосом, формируя очень необычные структуры, называемые G-квадруплексами и состоящие из четырёх, а не двух взаимодействующих оснований. Четыре гуаниновых основания, все атомы которых находятся в одной плоскости, образуют пластинку, стабилизированную водородными связями между основаниями и хелатированием в центре неё иона металла (чаще всего калия). Эти пластинки располагаются стопкой друг над другом[53].
На концах хромосом могут образовываться и другие структуры: основания могут быть расположены в одной цепочке или в разных параллельных цепочках. Кроме этих «стопочных» структур теломеры формируют большие петлеобразные структуры, называемые Т-петли или теломерные петли. В них одноцепочечная ДНК располагается в виде широкого кольца, стабилизированного теломерными белками[54]. В конце Т-петли одноцепочечная теломерная ДНК присоединяется к двухцепочечной ДНК, нарушая спаривание цепочек в этой молекуле и образуя связи с одной из цепей. Это трёхцепочечное образование называется Д-петля (от англ. displacement loop)[53].
Биологические функции
ДНК является носителем генетической информации, записанной в виде последовательности нуклеотидов с помощью генетического кода. С молекулами ДНК связаны два основополагающих свойства живых организмов — наследственность и изменчивость. В ходе процесса, называемого репликацией ДНК, образуются две копии исходной цепочки, наследуемые дочерними клетками при делении, отсюда следует, что образовавшиеся клетки оказываются генетически идентичны исходной.
Генетическая информация реализуется при экспрессии генов в процессах транскрипции (синтеза молекул РНК на матрице ДНК) и трансляции (синтеза белков на матрице РНК).
Последовательность нуклеотидов «кодирует» информацию о различных типах РНК: информационных, или матричных (мРНК), рибосомальных (рРНК) и транспортных (тРНК). Все эти типы РНК синтезируются на основе ДНК в процессе транскрипции. Роль их в биосинтезе белков (процессе трансляции) различна. Информационная РНК содержит информацию о последовательности аминокислот в белке, рибосомальные РНК служат основой для рибосом (сложных нуклеопротеиновых комплексов, основная функция которых — сборка белка из отдельных аминокислот на основе иРНК), транспортные РНК доставляют аминокислоты к месту сборки белков — в активный центр рибосомы, «ползущей» по иРНК.
Структура генома
ДНК генома бактериофага: фотография под просвечивающим электронным микроскопом
Большинство природных ДНК имеет двухцепочечную структуру, линейную (эукариоты, некоторые вирусы и отдельные роды бактерий) или кольцевую (прокариоты, хлоропласты и митохондрии). Линейную одноцепочечную ДНК содержат некоторые вирусы и бактериофаги.
Молекулы ДНК находятся in vivo в плотно упакованном, конденсированном состоянии[55]. В клетках эукариот ДНК располагается главным образом в ядре и на стадии профазы, метафазы или анафазы митоза доступны для наблюдения с помощью светового микроскопа в виде набора хромосом. Бактериальная (прокариоты) ДНК обычно представлена одной кольцевой молекулой ДНК, расположенной в неправильной формы образовании в цитоплазме, называемым нуклеоидом[56]. Генетическая информация генома состоит из генов. Ген — единица передачи наследственной информации и участок ДНК, который влияет на определённую характеристику организма. Ген содержит открытую рамку считывания, которая транскрибируется, а также регуляторные последовательности (англ.)русск., например, промотор и энхансер, которые контролируют экспрессию открытых рамок считывания.
У многих видов только малая часть общей последовательности генома кодирует белки. Так, только около 1,5 % генома человека состоит из кодирующих белок экзонов, а больше 50 % ДНК человека состоит из некодирующих повторяющихся последовательностей ДНК[57]. Причины наличия такого большого количества некодирующей ДНК в эукариотических геномах и огромная разница в размерах геномов (С-значение) — одна из неразрешённых научных загадок[58]; исследования в этой области также указывают на большое количество фрагментов реликтовых вирусов в этой части ДНК.
Последовательности генома, не кодирующие белок
В настоящее время накапливается всё больше данных, противоречащих идее о некодирующих последовательностях как «мусорной ДНК» (англ. junk DNA).
Теломеры и центромеры содержат малое число генов, но они важны для функционирования и стабильности хромосом[51][59]. Часто встречающаяся форма некодирующих последовательностей человека — псевдогены, копии генов, инактивированные в результате мутаций[60]. Эти последовательности нечто вроде молекулярных ископаемых, хотя иногда они могут служить исходным материалом для дупликации и последующей дивергенции генов[61].
Другой источник разнообразия белков в организме — это использование интронов в качестве «линий разреза и склеивания» в альтернативном сплайсинге[62].
Наконец, не кодирующие белок последовательности могут кодировать вспомогательные клеточные РНК, например, мяРНК[63]. Недавнее исследование транскрипции генома человека показало, что 10 % генома даёт начало полиаденилированным РНК[64], а исследование генома мыши показало, что 62 % его транскрибируется[65].
Транскрипция и трансляция
Генетическая информация, закодированная в ДНК, должна быть прочитана и в конечном итоге выражена в синтезе различных биополимеров, из которых состоят клетки. Последовательность оснований в цепочке ДНК напрямую определяет последовательность оснований в РНК, на которую она «переписывается» в процессе, называемом транскрипцией. В случае мРНК эта последовательность определяет аминокислоты белка. Соотношение между нуклеотидной последовательностью мРНК и аминокислотной последовательностью определяется правилами трансляции, которые называются генетическим кодом. Генетический код состоит из трёхбуквенных «слов», называемых кодонами, состоящих из трёх нуклеотидов (то есть ACT, CAG, TTT и т. п.).
Во время транскрипции нуклеотиды гена копируются на синтезируемую РНК РНК-полимеразой. Эта копия в случае мРНК декодируется рибосомой, которая «читает» последовательность мРНК, осуществляя спаривание матричной РНК с транспортными РНК, которые присоединены к аминокислотам. Поскольку в трёхбуквенных комбинациях используются 4 основания, всего возможны 64 кодона (4³ комбинации). Кодоны кодируют 20 стандартных аминокислот, каждой из которых соответствует в большинстве случаев более одного кодона. Один из трёх кодонов, которые располагаются в конце мРНК, не означает аминокислоту и определяет конец белка, это «стоп» или «нонсенс» кодоны — TAA, TGA, TAG.
Репликация
Деление клеток необходимо для размножения одноклеточного и роста многоклеточного организма, но до деления клетка должна удвоить геном, чтобы дочерние клетки содержали ту же генетическую информацию, что и исходная клетка. Из нескольких теоретически возможных механизмов удвоения (репликации) ДНК реализуется полуконсервативный. Две цепочки разделяются, а затем каждая недостающая комплементарная последовательность ДНК воспроизводится ферментом ДНК-полимеразой. Этот фермент синтезирует полинуклеотидную цепь, находя правильный нуклеотид через комплементарное спаривание оснований и присоединяя его к растущей цепочке. ДНК-полимераза не может начинать новую цепь, а может лишь наращивать уже существующую, поэтому она нуждается в короткой цепочке нуклеотидов — (праймере), синтезируемом праймазой. Так как ДНК-полимеразы могут синтезировать цепочку только в направлении 5′ —> 3′, антипараллельные цепи ДНК копируются по-разному: одна цепь синтезируется непрерывно, а вторая прерывчато[66].
Взаимодействие с белками
Все функции ДНК зависят от её взаимодействия с белками. Взаимодействия могут быть неспецифическими, когда белок присоединяется к любой молекуле ДНК, или зависеть от наличия особой последовательности. Ферменты также могут взаимодействовать с ДНК, из них наиболее важные — это РНК-полимеразы, которые копируют последовательность оснований ДНК на РНК в транскрипции или при синтезе новой цепи ДНК — репликации.
Структурные и регуляторные белки
Хорошо изученными примерами взаимодействия белков и ДНК, не зависящего от нуклеотидной последовательности ДНК, является взаимодействие со структурными белками. В клетке ДНК связана с этими белками, образуя компактную структуру, которая называется хроматин. У прокариот хроматин образован при присоединении к ДНК небольших щелочных белков — гистонов, менее упорядоченный хроматин прокариот содержит гистон-подобные белки[67][68]. Гистоны формируют дискообразную белковую структуру — нуклеосому, вокруг каждой из которых вмещается два оборота спирали ДНК. Неспецифические связи между гистонами и ДНК образуются за счёт ионных связей щелочных аминокислот гистонов и кислотных остатков сахарофосфатного остова ДНК[69]. Химические модификации этих аминокислот включают метилирование, фосфорилирование и ацетилирование[70]. Эти химические модификации изменяют силу взаимодействия между ДНК и гистонами, влияя на доступность специфических последовательностей для факторов транскрипции и изменяя скорость транскрипции[71]. Другие белки в составе хроматина, которые присоединяются к неспецифическим последовательностям — белки с высокой подвижностью в гелях, которые ассоциируют большей частью с согнутой ДНК[72]. Эти белки важны для образования в хроматине структур более высокого порядка[73].
Особая группа белков, присоединяющихся к ДНК — это белки, которые ассоциируют с одноцепочечной ДНК. Наиболее хорошо охарактеризованный белок этой группы у человека — репликационный белок А, без которого невозможно протекание большинства процессов, где расплетается двойная спираль, включая репликацию, рекомбинацию и репарацию. Белки этой группы стабилизируют одноцепочечную ДНК и предотвращают формирование стеблей-петель или деградации нуклеазами[74].
В то же время другие белки узнают и присоединяются к специфическим последовательностям. Наиболее изученная группа таких белков — различные классы факторов транскрипции, то есть белки, регулирующие транскрипцию. Каждый из этих белков узнаёт свою последовательность, часто в промоторе, и активирует или подавляет транскрипцию гена. Это происходит при ассоциации факторов транскрипции с РНК-полимеразой либо напрямую, либо через белки-посредники. Полимераза ассоциирует сначала с белками, а потом начинает транскрипцию[75]. В других случаях факторы транскрипции могут присоединяться к ферментам, которые модифицируют находящиеся на промоторах гистоны, что изменяет доступность ДНК для полимераз[76].
Так как специфические последовательности встречаются во многих местах генома, изменения в активности одного типа фактора транскрипции могут изменить активность тысяч генов[77]. Соответственно, эти белки часто регулируются в процессах ответа на изменения в окружающей среде, развития организма и дифференцировки клеток. Специфичность взаимодействия факторов транскрипции с ДНК обеспечивается многочисленными контактами между аминокислотами и основаниями ДНК, что позволяет им «читать» последовательность ДНК. Большинство контактов с основаниями происходит в главной бороздке, где основания более доступны[22].
Ферменты, модифицирующие ДНК
Топоизомеразы и хеликазы
В клетке ДНК находится в компактном, т. н. суперскрученном состоянии, иначе она не смогла бы в ней уместиться. Для протекания жизненно важных процессов ДНК должна быть раскручена, что производится двумя группами белков — топоизомеразами и хеликазами.
Топоизомеразы — ферменты, которые имеют и нуклеазную, и лигазную активности. Они изменяют степень суперскрученности в ДНК. Некоторые из этих ферментов разрезают спираль ДНК и позволяют вращаться одной из цепей, тем самым уменьшая уровень суперскрученности, после чего фермент заделывает разрыв[47]. Другие ферменты могут разрезать одну из цепей и проводить вторую цепь через разрыв, а потом лигировать разрыв в первой цепи[78]. Топоизомеразы необходимы во многих процессах, связанных с ДНК, таких как репликация и транскрипция[48].
Хеликазы — белки, которые являются одним из молекулярных моторов. Они используют химическую энергию нуклеотидтрифосфатов, чаще всего АТФ, для разрыва водородных связей между основаниями, раскручивая двойную спираль на отдельные цепочки[79]. Эти ферменты важны для большинства процессов, где белкам необходим доступ к основаниям ДНК.
Нуклеазы и лигазы
В различных процессах, происходящих в клетке, например, рекомбинации и репарации, участвуют ферменты, способные разрезать и восстанавливать целостность нитей ДНК. Ферменты, разрезающие ДНК, носят название нуклеаз. Нуклеазы, которые гидролизуют нуклеотиды на концах молекулы ДНК, называются экзонуклеазами, а эндонуклеазы разрезают ДНК внутри цепи. Наиболее часто используемые в молекулярной биологии и генетической инженерии нуклеазы — это эндонуклеазы рестрикции (рестриктазы), которые разрезают ДНК около специфических последовательностей. Например, фермент EcoRV (рестрикционный фермент № 5 из ‘E. coli’) узнаёт шестинуклеотидную последовательность 5′-GAT|ATC-3′ и разрезает ДНК в месте, указанном вертикальной линией. В природе эти ферменты защищают бактерии от заражения бактериофагами, разрезая ДНК фага, когда она вводится в бактериальную клетку. В этом случае нуклеазы — часть системы модификации-рестрикции[80]. ДНК-лигазы «сшивают» концы фрагментов ДНК между собой, катализируя формирование фосфодиэфирной связи с использованием энергии АТФ.
Рестрикционные нуклеазы и лигазы используются в клонировании и фингерпринтинге.
ДНК-лигаза I (кольцеобразная структура, состоящая из нескольких одинаковых молекул белка, показанных разными цветами), лигирующая повреждённую цепь ДНК
Полимеразы
Существует также важная для метаболизма ДНК группа ферментов, которые синтезируют цепи полинуклеотидов из нуклеозидтрифосфатов — ДНК-полимеразы. Они добавляют нуклеотиды к 3′-гидроксильной группе предыдущего нуклеотида в цепи ДНК, поэтому все полимеразы работают в направлении 5′—> 3′[81]. В активном центре этих ферментов субстрат — нуклеозидтрифосфат — спаривается с комплементарным основанием в составе одноцепочечной полинуклеотидной цепочки — матрицы.
В процессе репликации ДНК ДНК-зависимая ДНК-полимераза синтезирует копию исходной последовательности ДНК. Точность очень важна в этом процессе, так как ошибки в полимеризации приведут к мутациям, поэтому многие полимеразы обладают способностью к «редактированию» — исправлению ошибок. Полимераза узнаёт ошибки в синтезе по отсутствию спаривания между неправильными нуклеотидами. После определения отсутствия спаривания активируется 3′—> 5′ экзонуклеазная активность полимеразы, и неправильное основание удаляется[82]. В большинстве организмов ДНК-полимеразы работают в виде большого комплекса, называемого реплисомой, которая содержит многочисленные дополнительные субъединицы, например, хеликазы[83].
РНК-зависимые ДНК-полимеразы — специализированный тип полимераз, которые копируют последовательность РНК на ДНК. К этому типу относятся обратная транскриптаза, которая содержится в ретровирусах и используется при инфекции клеток, а также теломераза, необходимая для репликации теломер[84]. Теломераза — необычный фермент, потому что она содержит собственную матричную РНК[51].
Транскрипция осуществляется ДНК-зависимой РНК-полимеразой, которая копирует последовательность ДНК одной цепочки на мРНК. В начале транскрипции гена РНК-полимераза присоединяется к последовательности в начале гена, называемой промотором, и расплетает спираль ДНК. Потом она копирует последовательность гена на матричную РНК до тех пор, пока не дойдёт до участка ДНК в конце гена — терминатора, где она останавливается и отсоединяется от ДНК. Также как ДНК-зависимая ДНК-полимераза человека, РНК-полимераза II, которая транскрибирует большую часть генов в геноме человека, работает в составе большого белкового комплекса, содержащего регуляторные и дополнительные единицы[85].
Генетическая рекомбинация
Рекомбинация происходит в результате физического разрыва в хромосомах (М) и (F) и их последующего соединения с образованием двух новых хромосом (C1 и C2)
Двойная спираль ДНК обычно не взаимодействует с другими сегментами ДНК, и в человеческих клетках разные хромосомы пространственно разделены в ядре[86]. Это расстояние между разными хромосомами важно для способности ДНК действовать в качестве стабильного носителя информации. В процессе рекомбинации с помощью ферментов две спирали ДНК разрываются, обмениваются участками, после чего непрерывность спиралей восстанавливается, поэтому обмен участками негомологичных хромосом может привести к повреждению целостности генетического материала.
Рекомбинация позволяет хромосомам обмениваться генетической информацией, в результате этого образуются новые комбинации генов, что увеличивает эффективность естественного отбора и важно для быстрой эволюции новых белков[87]. Генетическая рекомбинация также играет роль в репарации, особенно в ответе клетки на разрыв обеих цепей ДНК[88].
Самая распространённая форма кроссинговера — это гомологичная рекомбинация, когда принимающие участие в рекомбинации хромосомы имеют очень похожие последовательности. Иногда в качестве участков гомологии выступают транспозоны. Негомологичная рекомбинация может привести к повреждению клетки, поскольку в результате такой рекомбинации возникают транслокации. Реакция рекомбинации катализируется ферментами, которые называются рекомбиназы, например, Cre. На первом этапе реакции рекомбиназа делает разрыв в одной из цепей ДНК, позволяя этой цепи отделиться от комплементарной цепи и присоединиться к одной из цепей второй хроматиды. Второй разрыв в цепи второй хроматиды позволяет ей также отделиться и присоединиться к оставшейся без пары цепи из первой хроматиды, формируя структуру Холлидея. Структура Холлидея может передвигаться вдоль соединённой пары хромосом, меняя цепи местами. Реакция рекомбинации завершается, когда фермент разрезает соединение, а две цепи лигируются[89].
Эволюция метаболизма, основанного на ДНК
ДНК содержит генетическую информацию, которая делает возможной жизнедеятельность, рост, развитие и размножение всех современных организмов. Однако как долго в течение четырёх миллиардов лет истории жизни на Земле ДНК была главным носителем генетической информации, неизвестно. Существуют гипотезы, что РНК играла центральную роль в обмене веществ, поскольку она может и переносить генетическую информацию, и осуществлять катализ с помощью рибозимов[90][91][92]. Кроме того, РНК — один из основных компонентов «фабрик белка» — рибосом. Древний РНК-мир, где нуклеиновая кислота была использована и для катализа, и для переноса информации, мог послужить источником современного генетического кода, состоящего из четырёх оснований. Это могло произойти в результате того, что число оснований в организме было компромиссом между небольшим числом оснований, увеличивавшим точность репликации, и большим числом оснований, увеличивающим каталитическую активность рибозимов[93].
К сожалению, древние генетические системы не дошли до наших дней. ДНК в окружающей среде в среднем сохраняется в течение 1 миллиона лет, а потом деградирует до коротких фрагментов. Извлечение ДНК из бактериальных спор, заключённых в кристаллах соли 250 млн лет назад, и определение последовательности генов 16S рРНК[94], служит темой оживлённой дискуссии в научной среде[95][96].
См. также
Дезоксирибонуклеиновая кислота на Викискладе | |
Дезоксирибонуклеиновая кислота в Викиновостях |
- Вектор (биология)
- Генетическая генеалогия
- Действие излучений на структуру и функции ДНК
- ДНК-дактилоскопия
- Использование ДНК в технологии
- Метилирование ДНК
- Методы секвенирования нового поколения
- Мобильные элементы генома
- Мутация
- Нуклеопротеиды
- РНК
- Секвенирование
- Спиртовая преципитация
- Футпринтинг ДНК
- Центральная догма молекулярной биологии
- Цис-элемент
- ДНК-компьютер
Примечания
- ↑ Александр Панчин. Сумма биотехнологии [1].. — АСТ, 2015. — С. 13. — 432 с. — ISBN 978-5-17-093602-1.
- ↑ Bustamante C., Bryant Z., Smith S. B. Ten years of tension: single-molecule DNA mechanics (англ.) // Nature. — 2003. — Vol. 421, no. 6921. — P. 423-427.
- ↑ Erica Westly. No Nobel for You: Top 10 Nobel Snubs. Rosalind Franklin—her work on the structure of DNA never received a Nobel (англ.). Scientific American (6 October 2008). Проверено 18 ноября 2013. Архивировано 8 января 2014 года.
- ↑ Dahm R (2005). «Friedrich Miescher and the discovery of DNA». Dev Biol 278 (2): 274–88. PMID 15680349.
- ↑ Hershey A, Chase M (1952). «Independent functions of viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage». J Gen Physiol 36 (1): 39–56. PMID 12981234.
- ↑ (1952) «On the deoxyribonucleic acid content of sea urchin gametes». Experientia 8 (4): 143–145. DOI:10.1007/BF02170221. PMID 14945441.
- ↑ (1952) «Composition of the deoxypentose nucleic acids of four genera of sea-urchin». J Biol Chem 195 (1): 155–160. PMID 14938364.
- ↑ 1 2 Watson J, Crick F (1953). «Molecular structure of nucleic acids; a structure for deoxyribose nucleic acid». Nature 171 (4356): 737 – 8. PMID 13054692.
- ↑ The Nobel Prize in Physiology or Medicine 1962 Nobelprize .org Accessed 22 Dec 06
- ↑ Н. Домрина В России есть кому делать науку — если будет на что // Журнал «Наука и жизнь», № 2, 2002
- ↑ Maxim Frank-Kamenetskii DNA structure: A simple solution to the stability of the double helix? // Журнал Nature № 324, 305 (27 November 1986)
- ↑ Maxim Frank-Kamenetskii H-form DNA and the hairpin-triplex model // Журнал Nature № 333, 214 (19 May 1988)
- ↑ Alberts, Bruce. Molecular Biology of the Cell; Fourth Edition. — New York and London : Garland Science, 2002. — ISBN ISBN 0-8153-3218-1.
- ↑ Butler, John M. (2001) Forensic DNA Typing «Elsevier». pp. 14 — 15. ISBN 978-0-12-147951-0
- ↑ 1 2 Berg J., Tymoczko J. and Stryer L. (2002) Biochemistry. W. H. Freeman and Company ISBN 0-7167-4955-6
- ↑ Abbreviations and Symbols for Nucleic Acids, Polynucleotides and their Constituents IUPAC-IUB Commission on Biochemical Nomenclature (CBN) Accessed 03 Jan 2006
- ↑ Takahashi I, Marmur J. (1963). «Replacement of thymidylic acid by deoxyuridylic acid in the deoxyribonucleic acid of a transducing phage for Bacillus subtilis». Nature 197: 794 – 5. PMID 13980287.
- ↑ Agris P (2004). «Decoding the genome: a modified view». Nucleic Acids Res 32 (1): 223 – 38. PMID 14715921.
- ↑ Ghosh A, Bansal M (2003). «A glossary of DNA structures from A to Z». Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 59 (Pt 4): 620 – 6. PMID 12657780.
- ↑ Mandelkern M, Elias J, Eden D, Crothers D (1981). «The dimensions of DNA in solution». J Mol Biol 152 (1): 153 – 61. PMID 7338906.
- ↑ Wing R, Drew H, Takano T, Broka C, Tanaka S, Itakura K, Dickerson R (1980). «Crystal structure analysis of a complete turn of B-DNA». Nature 287 (5784): 755 – 8. PMID 7432492.
- ↑ 1 2 Pabo C, Sauer R. «Protein-DNA recognition». Annu Rev Biochem 53: 293 – 321. PMID 6236744.
- ↑ Ponnuswamy P, Gromiha M (1994). «On the conformational stability of oligonucleotide duplexes and tRNA molecules». J Theor Biol 169 (4): 419–32. PMID 7526075.
- ↑ Clausen-Schaumann H, Rief M, Tolksdorf C, Gaub H (2000). «Mechanical stability of single DNA molecules». Biophys J 78 (4): 1997–2007. PMID 10733978.
- ↑ Chalikian T, Völker J, Plum G, Breslauer K (1999). «A more unified picture for the thermodynamics of nucleic acid duplex melting: a characterization by calorimetric and volumetric techniques». Proc Natl Acad Sci U S A 96 (14): 7853–8. PMID 10393911.
- ↑ Молекулярная биология клетки: в 3-х томах / Б. Альбертс, А. Джонсон, Д. Льюис и др. — М.-Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», Институт компьютерных исследований, 2013. — Т. I. — С. 719-733. — 808 с. — ISBN 978-5-4344-0112-8.
- ↑ Bird A (2002). «DNA methylation patterns and epigenetic memory». Genes Dev 16 (1): 6 – 21. PMID 11782440.
- ↑ Gommers-Ampt J, Van Leeuwen F, de Beer A, Vliegenthart J, Dizdaroglu M, Kowalak J, Crain P, Borst P (1993). «beta-D-glucosyl-hydroxymethyluracil: a novel modified base present in the DNA of the parasitic protozoan T. brucei». Cell 75 (6): 1129 – 36. PMID 8261512.
- ↑ Jones P. A. Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond // Nature Reviews Genetics. — 2012. — Т. 13, № 7. — С. 484-492.
- ↑ Klose R, Bird A (2006). «Genomic DNA methylation: the mark and its mediators». Trends Biochem Sci 31 (2): 89 – 97. PMID 16403636.
- ↑ Li E., Beard C., Jaenisch R. Role for DNA methylation in genomic imprinting //Nature. — 1993. — Т. 366. — №. 6453. — С. 362—365
- ↑ Ehrlich M. DNA methylation in cancer: too much, but also too little //Oncogene. — 2002. — Т. 21. — №. 35. — С. 5400-5413
- ↑ Walsh C, Xu G. «Cytosine methylation and DNA repair». Curr Top Microbiol Immunol 301: 283 – 315. PMID 16570853.
- ↑ Created from PDB 1JDG
- ↑ Douki T, Reynaud-Angelin A, Cadet J, Sage E (2003). «Bipyrimidine photoproducts rather than oxidative lesions are the main type of DNA damage involved in the genotoxic effect of solar UVA radiation». Biochemistry 42 (30): 9221 – 6. PMID 12885257.
- ↑ Cadet J, Delatour T, Douki T, Gasparutto D, Pouget J, Ravanat J, Sauvaigo S (1999). «Hydroxyl radicals and DNA base damage». Mutat Res 424 (1 – 2): 9 – 21. PMID 10064846.
- ↑ Shigenaga M, Gimeno C, Ames B (1989). «Urinary 8-hydroxy-2′-deoxyguanosine as a biological marker of in vivo oxidative DNA damage». Proc Natl Acad Sci U S A 86 (24): 9697 – 701. PMID 2602371.
- ↑ Cathcart R, Schwiers E, Saul R, Ames B (1984). «Thymine glycol and thymidine glycol in human and rat urine: a possible assay for oxidative DNA damage». Proc Natl Acad Sci U S A 81 (18): 5633 – 7. PMID 6592579.
- ↑ Ferguson L, Denny W (1991). «The genetic toxicology of acridines». Mutat Res 258 (2): 123 – 60. PMID 1881402.
- ↑ Jeffrey A (1985). «DNA modification by chemical carcinogens». Pharmacol Ther 28 (2): 237 – 72. PMID 3936066.
- ↑ Stephens T, Bunde C, Fillmore B (2000). «Mechanism of action in thalidomide teratogenesis». Biochem Pharmacol 59 (12): 1489 – 99. PMID 10799645.
- ↑ Braña M, Cacho M, Gradillas A, de Pascual-Teresa B, Ramos A (2001). «Intercalators as anticancer drugs». Curr Pharm Des 7 (17): 1745 – 80. PMID 11562309.
- ↑ Trzaska, Stephen (20 June 2005). «Cisplatin». Chemical & Engineering News 83 (25).
- ↑ Tomasz, Maria (September 1995). «Mitomycin C: small, fast and deadly (but very selective).». Chemistry and Biology 2 (9): 575–579. DOI:10.1016/1074-5521(95)90120-5. PMID 9383461.
- ↑ (June 2005) «Mismatch repair participates in error-free processing of DNA interstrand crosslinks in human cells». EMBO Rep. 6 (6): 551–7. DOI:10.1038/sj.embor.7400418. PMID 15891767.
- ↑ Benham C, Mielke S (2005). «DNA mechanics». Annu Rev Biomed Eng 7: 21–53. PMID 16004565.
- ↑ 1 2 Champoux J (2001). «DNA topoisomerases: structure, function, and mechanism». Annu Rev Biochem 70: 369–413. PMID 11395412.
- ↑ 1 2 Wang J (2002). «Cellular roles of DNA topoisomerases: a molecular perspective». Nat Rev Mol Cell Biol 3 (6): 430–40. PMID 12042765.
- ↑ Created from NDB UD0017 Архивировано 7 июня 2013 года.
- ↑ Greider C, Blackburn E (1985). «Identification of a specific telomere terminal transferase activity in Tetrahymena extracts». Cell 43 (2 Pt 1): 405–13. PMID 3907856.
- ↑ 1 2 3 Nugent C, Lundblad V (1998). «The telomerase reverse transcriptase: components and regulation». Genes Dev 12 (8): 1073–85. PMID 9553037.
- ↑ Wright W, Tesmer V, Huffman K, Levene S, Shay J (1997). «Normal human chromosomes have long G-rich telomeric overhangs at one end». Genes Dev 11 (21): 2801–9. PMID 9353250.
- ↑ 1 2 Burge S, Parkinson G, Hazel P, Todd A, Neidle S (2006). «Quadruplex DNA: sequence, topology and structure». Nucleic Acids Res 34 (19): 5402–15. PMID 17012276.
- ↑ Griffith J, Comeau L, Rosenfield S, Stansel R, Bianchi A, Moss H, de Lange T (1999). «Mammalian telomeres end in a large duplex loop». Cell 97 (4): 503–14. PMID 10338214.
- ↑ Teif V.B. and Bohinc K. (2010). «Condensed DNA: condensing the concepts». Progress in Biophysics and Molecular Biology. DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2010.07.002.
- ↑ Thanbichler M, Wang S, Shapiro L (2005). «The bacterial nucleoid: a highly organized and dynamic structure». J Cell Biochem 96 (3): 506 – 21. PMID 15988757.
- ↑ Wolfsberg T, McEntyre J, Schuler G (2001). «Guide to the draft human genome». Nature 409 (6822): 824 – 6. PMID 11236998.
- ↑ Gregory T (2005). «The C-value enigma in plants and animals: a review of parallels and an appeal for partnership». Ann Bot (Lond) 95 (1): 133 – 46. PMID 15596463.
- ↑ Pidoux A, Allshire R (2005). «The role of heterochromatin in centromere function». Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 360 (1455): 569 – 79. PMID 15905142.
- ↑ Harrison P, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe N, Bertone P, Echols N, Johnson T, Gerstein M (2002). «Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22». Genome Res 12 (2): 272 – 80. PMID 11827946.
- ↑ Harrison P, Gerstein M (2002). «Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution». J Mol Biol 318 (5): 1155 – 74. PMID 12083509.
- ↑ Soller M (2006). «Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22». Cell Mol Life Sci 63 (7-9): 796 – 819. PMID 16465448. (недоступная ссылка)
- ↑ Michalak P. (2006). «RNA world — the dark matter of evolutionary genomics» 19 (6): 1768 – 74. PMID 17040373. (недоступная ссылка)
- ↑ Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S et al. (2005). «RNA world — the dark matter of evolutionary genomics» 308: 1149 – 54. PMID 15790807.
- ↑ Mattick JS (2004). «RNA regulation: a new genetics?». Nat Rev Genet 5: 316–323. PMID 15131654.
- ↑ Albà M (2001). «Replicative DNA polymerases». Genome Biol 2 (1): REVIEWS3002. PMID 11178285.
- ↑ Sandman K, Pereira S, Reeve J (1998). «Diversity of prokaryotic chromosomal proteins and the origin of the nucleosome». Cell Mol Life Sci 54 (12): 1350 – 64. PMID 9893710.
- ↑ Dame RT (2005). «The role of nucleoid-associated proteins in the organization and compaction of bacterial chromatin». Mol. Microbiol. 56 (4): 858–70. PMID 15853876.
- ↑ Luger K, Mäder A, Richmond R, Sargent D, Richmond T (1997). «Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution». Nature 389 (6648): 251 – 60. PMID 9305837.
- ↑ Jenuwein T, Allis C (2001). «Translating the histone code». Science 293 (5532): 1074 – 80. PMID 11498575.
- ↑ Ito T. «Nucleosome assembly and remodelling». Curr Top Microbiol Immunol 274: 1 – 22. PMID 12596902.
- ↑ Thomas J (2001). «HMG1 and 2: architectural DNA-binding proteins». Biochem Soc Trans 29 (Pt 4): 395 – 401. PMID 11497996.
- ↑ Grosschedl R, Giese K, Pagel J (1994). «HMG domain proteins: architectural elements in the assembly of nucleoprotein structures». Trends Genet 10 (3): 94–100. PMID 8178371.
- ↑ Iftode C, Daniely Y, Borowiec J (1999). «Replication protein A (RPA): the eukaryotic SSB». Crit Rev Biochem Mol Biol 34 (3): 141 – 80. PMID 10473346.
- ↑ Myers L, Kornberg R. «Mediator of transcriptional regulation». Annu Rev Biochem 69: 729 – 49. PMID 10966474.
- ↑ Spiegelman B, Heinrich R (2004). «Biological control through regulated transcriptional coactivators». Cell 119 (2): 157–67. PMID 15479634.
- ↑ Li Z, Van Calcar S, Qu C, Cavenee W, Zhang M, Ren B (2003). «A global transcriptional regulatory role for c-Myc in Burkitt’s lymphoma cells». Proc Natl Acad Sci U S A 100 (14): 8164 – 9. PMID 12808131.
- ↑ Schoeffler A, Berger J (2005). «Recent advances in understanding structure-function relationships in the type II topoisomerase mechanism». Biochem Soc Trans 33 (Pt 6): 1465 – 70. PMID 16246147.
- ↑ Tuteja N, Tuteja R (2004). «Unraveling DNA helicases. Motif, structure, mechanism and function». Eur J Biochem 271 (10): 1849–63. PMID 15128295.
- ↑ Bickle T, Krüger D (1993). «Biology of DNA restriction». Microbiol Rev 57 (2): 434 – 50. PMID 8336674.
- ↑ Joyce C, Steitz T (1995). «Polymerase structures and function: variations on a theme?». J Bacteriol 177 (22): 6321 – 9. PMID 7592405.
- ↑ Hubscher U, Maga G, Spadari S. «Eukaryotic DNA polymerases». Annu Rev Biochem 71: 133 – 63. PMID 12045093.
- ↑ Johnson A, O’Donnell M. «Cellular DNA replicases: components and dynamics at the replication fork». Annu Rev Biochem 74: 283 – 315. PMID 15952889.
- ↑ Tarrago-Litvak L, Andréola M, Nevinsky G, Sarih-Cottin L, Litvak S (1994). «The reverse transcriptase of HIV-1: from enzymology to therapeutic intervention». FASEB J 8 (8): 497–503. PMID 7514143.
- ↑ Martinez E (2002). «Multi-protein complexes in eukaryotic gene transcription». Plant Mol Biol 50 (6): 925 – 47. PMID 12516863.
- ↑ Cremer T, Cremer C (2001). «Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells». Nat Rev Genet 2 (4): 292–301. PMID 11283701.
- ↑ Pál C, Papp B, Lercher M (2006). «An integrated view of protein evolution». Nat Rev Genet 7 (5): 337 – 48. PMID 16619049.
- ↑ O’Driscoll M, Jeggo P (2006). «The role of double-strand break repair — insights from human genetics». Nat Rev Genet 7 (1): 45 – 54. PMID 16369571.
- ↑ Dickman M, Ingleston S, Sedelnikova S, Rafferty J, Lloyd R, Grasby J, Hornby D (2002). «The RuvABC resolvasome». Eur J Biochem 269 (22): 5492 – 501. PMID 12423347.
- ↑ Joyce G (2002). «The antiquity of RNA-based evolution». Nature 418 (6894): 214 – 21. PMID 12110897.
- ↑ Orgel L. «Prebiotic chemistry and the origin of the RNA world». Crit Rev Biochem Mol Biol 39 (2): 99 – 123. PMID 15217990.
- ↑ Davenport R (2001). «Ribozymes. Making copies in the RNA world». Science 292 (5520): 1278. PMID 11360970.
- ↑ Szathmáry E (1992). «What is the optimum size for the genetic alphabet?». Proc Natl Acad Sci U S A 89 (7): 2614 – 8. PMID 1372984.
- ↑ Vreeland R, Rosenzweig W, Powers D (2000). «Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary salt crystal». Nature 407 (6806): 897 – 900. PMID 11057666.
- ↑ Hebsgaard M, Phillips M, Willerslev E (2005). «Geologically ancient DNA: fact or artefact?». Trends Microbiol 13 (5): 212 – 20. PMID 15866038.
- ↑ Nickle D, Learn G, Rain M, Mullins J, Mittler J (2002). «Curiously modern DNA for a «250 million-year-old» bacterium». J Mol Evol 54 (1): 134 – 7. PMID 11734907.
Литература
- Альбертс Б., Брей Д., Льюис Дж. и др. Молекулярная биология клетки в 3-х томах. — М.: Мир, 1994. — 1558 с. — ISBN 5-03-001986-3.
- Докинз Р. Эгоистичный ген. — М.: Мир, 1993. — 318 с. — ISBN 5-03-002531-6.
- История биологии с начала XX века до наших дней. — М.: Наука, 1975. — 660 с.
- Льюин Б. Гены. — М.: Мир, 1987. — 544 с.
- Пташне М. Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг лямбда. — М.: Мир, 1989. — 160 с. Все форумы > Книга «переключение генов» М. Пташне.
- Уотсон Дж. Д. Двойная спираль: воспоминания об открытии структуры ДНК. — М.: Мир, 1969. — 152 с.
Ссылки
- Методы выделения и исследования ДНК.
- Веб-адреса молекулярно-биологических журналов.
- Международная база данных — последовательности ДНК из разных организмов (англ.).
- Веб-сайт Сэнгеровского Института одного из мировых лидеров в области определения последовательностей ДНК и их анализа (англ.).
- Software for forensic DNA Typing — eQMS::DNA.
дезоксирибонуклеиновая кислота
сокр., ДНК иначе дезоксирибонуклеиновая кислота
(англ. deoxyribonucleic acid сокр., DNA)
— полинуклеотид, состоящий из ковалентно связанных дезоксирибонуклеотидных единиц, обеспечивающий хранение, передачу из поколения в поколение и реализацию генетической программы развития и функционирования живого организма.
Описание
ДНК образована двумя полинуклеотидными цепями, закрученными друг относительно друга и образующими двойную спираль. Каждая цепь построена из повторяющихся блоков: остатка фосфорной кислоты и связанного с ним сахара 2-дезоксирибозы. К дезоксирибозе в каждом блоке прикреплено одно из четырех азотистых оснований: аденин, тимин, гуанин и цитозин. В молекуле ДНК азотистые основания одной цепи спарены с азотистыми основаниями другой цепи в строго определенном порядке: аденин с тимином, гуанин с цитозином. Такое взаимодействие цепей называется комплементарным, и информация о строении одной из цепей ДНК всегда может быть восстановлена с ее комплементарной пары. В последовательности оснований ДНК записан генетический код организма, и принцип комплементарности позволяет копировать его и передавать потомкам. В клетках эукариот ДНК находится в ядре клетки в составе хромосом, а также в некоторых клеточных органоидах (митохондриях и пластидах). В клетках прокариот (бактерий и архей) кольцевая или линейная молекула ДНК прикреплена изнутри к клеточной мембране. У прокариот и у низших эукариот (например, дрожжей) имеются плазмиды (автономные, кольцевые молекулы ДНК небольшого размера). Одно- или двухцепочечные молекулы ДНК могут составлять геном ДНК-содержащих вирусов. За открытия, касающиеся молекулярной структуры нуклеиновых кислот и их значения для передачи информации в живой материи, Джеймс Уотсон, Френсис Крик и Морис Уилкинс были удостоены Нобелевской премии по физиологии и медицине в 1962 г.
В качестве органического полимера ДНК нашла применение в нанобиотехнологиях. Так, из упорядоченных и скрученных цепей были созданы наноразмерные конструкции с различной формой и функциями (так называемые ДНК-оригами, см. наноматериалы, биомиметические).
Иллюстрации
|
Двойная спираль ДНК. |
Авторы
- Народицкий Борис Савельевич
- Ширинский Владимир Павлович
- Нестеренко Людмила Николаевна
Источники
- Alberts B., Johnson A., Lewis J. et al. Molecular Biology of the Cell. 4th ed. — N.Y.: Garland Publishing, 2002. — 265 p.
- Глик Б., Пастернак Дж. Молекулярная биотехнология: Принципы и применение. — М.: Мир, 2002. — 589 с.
- Рис Э., Стернберг М. Введение в молекулярную биологию. От клеток к атомам. — М.: Мир, 2002. — 154 с.
- Watson J .D., Crick F.H.C. Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid // Nature. 1953. V. 171. P. 737–738.
ДЕЗОКСИРИБОНУКЛЕИ́НОВЫЕ КИСЛО́ТЫ (ДНК), нуклеиновые кислоты, содержащие в качестве углеводного компонента дезоксирибозу. ДНК – осн. компонент хромосом всех живых организмов, вещество, из которого построены геномы всех про- и эукариот, а также внехромосомные наследств. элементы (плазмиды) и геномы мн. вирусов. В клетках прокариот ДНК организована в виде компактного образования – нуклеоида. У эукариот она содержится в ядрах клеток и в органеллах – митохондриях и хлоропластах. В нуклеотидной последовательности ДНК записана (кодирована) генетич. информация о всех признаках вида и особенностях индивидуума. Все осн. генетич. процессы – репликация, транскрипция и рекомбинация связаны с функционированием молекулы ДНК.
Впервые ДНК в виде комплексов с белками (дезоксирибонуклеопротеидов) была открыта в 1868 И. Ф. Мишером в ядрах клеток гноя и сперме рыб. Долгое время считалось, что ДНК содержится только в клетках животных, и лишь к сер. 1930-х гг. было доказано (А. Н. Белозерский), что ДНК – непременный компонент каждой живой клетки. В 1944 амер. микробиолог О. Эйвери с сотрудниками показали, что с помощью ДНК, тщательно очищенной от всех остальных клеточных компонентов, наследуемый биологич. признак может быть перенесён из одной клетки в другую. Тем самым была определена биологич. функция ДНК как вещества наследственности.
В кон. 19 – нач. 20 вв. было установлено, что ДНК представляют собой полимерные молекулы, мономерными составляющими которых служат дезоксирибонуклеотиды, содержащие остатки дезоксирибозы, фосфорной кислоты и одно из четырёх азотистых оснований: пуриновых – гуанина (G) и аденина (А) и пиримидиновых – цитозина (C) и тимина (Т). В кон. 1940-х – нач. 1950-х гг. в лаборатории А. Тодда было доказано, что единственным типом межнуклеотидной связи в полимерных цепях ДНК является 3’–5′-фосфодиэфирная связь. В это же время Э. Чаргафф с сотрудниками выяснили осн. закономерности нуклеотидного состава ДНК (правила Чаргаффа), наиболее важная из которых – равенство содержания остатков аденина и тимина (А = Т), а также гуанина и цитозина (G = C).
Рис. 1. Модель двойной спирали ДНК Уотсона – Крика (М. Б. – малая бороздка; Б. Б. – большая бороздка).
Основываясь на этих данных, в 1953 Дж. Уотсон и Ф. Крик расшифровали рентгенограммы кристаллов ДНК, полученные в лабораториях Р. Франклин и М. Уилкинса, и сделали одно из выдающихся открытий совр. естествознания. Они установили, что молекула ДНК представляет собой регулярную спираль, состоящую из двух полинуклеотидных цепей (двойная спираль). Диаметр спирали постоянен на протяжении всей её длины и равен примерно 2 нм. Длина витка спирали составляет 3,4 нм. На один виток в одной цепи приходится примерно 10 нуклеотидных остатков, т. е. межнуклеотидное расстояние вдоль оси спирали равно 0,34 нм. Азотистые основания в двойной спирали ДНК лежат в одной плоскости, которая практически перпендикулярна её гл. оси. При этом основания, принадлежащие разным цепям и находящиеся напротив друг друга, образуют комплементарные пары, стабилизированные водородными связями таким образом, что аденин всегда спарен только с тимином, а гуанин – с цитозином (пары G – C связаны между собой тремя водородными связями, а пары А – Т лишь двумя). Для стабилизации структуры двойной спирали ДНК важное значение имеют также взаимодействия между плоскостями соседних оснований, принадлежащих одной и той же цепи (т. н. стэкинг-взаимодействия, от англ. stack – стог, складывать в стог, располагать один над другим).
Из модели двойной спирали Уотсона – Крика прямо вытекает принцип самовоспроизведения (удвоения, репликации) молекулы ДНК (а следовательно, и любого генетич. материала): если две комплементарные цепи ДНК разделить, а затем на каждой, как на матрице, построить новые, строго комплементарные им цепи, то две дочерние двуспиральные молекулы будут идентичны материнской. Открытие этого принципа позволило на молекулярном уровне объяснить явление наследственности и положило начало молекулярной биологии. Принцип комплементарного спаривания оснований нуклеиновых кислот лежит в основе всех процессов передачи генетич. информации в клетке.
Рис. 2. Комплементарные уотсон-криковские пары в двуспиральной молекуле ДНК. Слева – пара аденин – тимин; справа – пара гуанин – цитозин. Приведены расстояния между атомами, связанными специфическими …
В двойной спирали ДНК сахарофосфатный остов полинуклеотидных цепей обращён наружу, а на поверхности спирали можно выделить две бороздки: большую – шириной 2,2 нм и малую – шириной 1,2 нм. Двойная спираль ДНК, описанная Дж. Уотсоном и Ф. Криком, – правозакрученная, а полинуклеотидные цепи в ней антипараллельны, т. е. направлены в противоположные стороны, так что 3′-конец одной цепи располагается напротив 5′-конца другой. Она была названа В-формой ДНК.
Оказалось, однако, что двойная спираль ДНК характеризуется существенным полиморфизмом и при изменении внешних условий может принимать пространственную структуру (конформацию), отличную от уотсон-криковской В-формы. Так, при понижении влажности в препарате или, напр., при добавлении спирта к водному раствору ДНК она переходит в т. н. А-форму, отличающуюся от В-формы шириной и глубиной бороздок, увеличением диаметра спирали, смещением пар оснований к периферии спирали и их заметным наклоном по отношению к оси спирали, а внутри неё образуется полость диаметром 0,4 нм. В основе этих структурных превращений лежит изменение конформации остатка дезоксирибозы, что, в свою очередь, ведёт к изменению расстояния между фосфатными группами соседних нуклеотидных остатков одной цепи. При высокой концентрации солей участки двойных спиралей ДНК с чередующимися нуклеотидными последовательностями типа многократно повторяющегося гуанозин-цитозинового динуклеотида (GC) из правозакрученной формы переходят в левозакрученную. У этой формы ДНК линия, соединяющая фосфатные группы, через каждые две пары имеет излом и принимает зигзагообразный вид. Такая конформация ДНК называется Z-формой (от англ. zigzag). Хотя полиморфизм ДНК может играть существенную роль в регуляции активности генов, прямых данных о наличии у двойной спирали ДНК in vivo иных конформаций, кроме В-формы, пока нет.
Важным свойством двойных спиралей ДНК является их микрогетерогенность, обнаруживаемая рентгеноструктурным анализом высокого разрешения. Она обусловлена тонкими различиями в конформации нуклеотидных остатков, появление которых зависит от последовательности расположения нуклеотидов в цепи, и проявляется в образовании характерных изгибов и изломов. Такие особенности структуры молекулы ДНК, несомненно, должны быть связаны с её функционированием.
При наличии в молекуле ДНК повторяющихся последовательностей (палиндромов) могут формироваться пары не только между основаниями противоположных цепей, но и в пределах одной цепи, что создаёт возможность образования связанных водородными связями своеобразных шпилек с петлями.
При повышении темп-ры или рН растворов ДНК, в присутствии ряда органич. веществ и др. соединений происходит денатурация ДНК – разрыв водородных связей между парами оснований и разрушение регулярной структуры двойной спирали, которое завершается полным разделением цепей. Благодаря кооперативному характеру внутримолекулярных взаимодействий, стабилизирующих двойную спираль, этот процесс напоминает фазовый переход и поэтому называется плавлением ДНК. В условиях, оптимальных для образования двойной спирали, отд. комплементарные цепи ДНК способны реассоциировать с восстановлением исходной двуспиральной структуры (ренатурация ДНК). Это свойство лежит в основе метода молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот, который позволяет выявлять степень сходства нуклеотидных последовательностей молекул ДНК или ДНК и РНК, особенности их организации, в т. ч. наличие и число повторов (см. Нуклеотидные последовательности).
Последовательность чередования нуклеотидных остатков в ДНК (первичная структура) у разных организмов строго индивидуальна и служит важнейшей характеристикой, отличающей одну молекулу ДНК от другой и соответственно один ген или один регуляторный генетич. элемент от другого. Размеры молекул ДНК варьируют от нескольких тысяч пар нуклеотидов (т. п. н.) у плазмид и некоторых вирусов до сотен т. п. н. у высших организмов. Содержание ДНК в разных организмах также различно и по числу образующих её нуклеотидов составляет от 5·106 у бактерий до 2·1011 пар нуклеотидов (п. н.) у высших растений (в расчёте на гаплоидный геном). Эти гигантские молекулы чрезвычайно компактно упакованы в клетках или вирусах. В прокариотич. нуклеотиде такая укладка поддерживается небольшим количеством спец. белков и, вероятно, рибонуклеиновыми кислотами (РНК). Описано неск. уровней упаковки эукариотической ДНК с помощью универсального набора гистонов и некоторых негистоновых белков, приводящих к образованию осн. компонента хромосомы – хроматина. Напр., длина ДНК самой большой хромосомы человека равна 8 см, но в хромосоме (в состоянии митоза) она не превышает 5 мкм.
В ядрах эукариот (за исключением гамет) ДНК представлена двумя копиями. Каждая про- и эукариотическая хромосома содержит только одну молекулу двуспиральной ДНК. Геном подавляющего большинства вирусов также представлен двуспиральной ДНК, и лишь некоторые фаги в качестве геномной содержат однотяжевую кольцевую или линейную молекулу ДНК.
В кольцо замкнуты молекулы двунитевых ДНК прокариотич. хромосомы, плазмид и мн. вирусов, ДНК митохондрий и хлоропластов. При этом если цепь ковалентно-непрерывна (т. е. все фосфодиэфирные связи замкнуты), то циклич. ДНК могут находиться в сверхспирализованной форме, когда нити двойной спирали многократно зацеплены друг с другом. В клетке сверхвитки создаются и разрушаются ферментами топоизомеразами. Циклическая сверхспирализованная ДНК обладает определённым запасом энергии по сравнению с её линейной формой, поэтому образование сверхвитков важно для функционирования ДНК (напр., позволяет разрешать топологич. трудности, возникающие при репликации). Кроме того, благодаря наличию сверхвитков могут образовываться необычные структуры в её макромолекуле: крестообразные структуры (в палиндромах), Z-форма, тринитевые участки, или т. н. Н-форма (в гомопурин-гомопиримидиновых блоках).
Биосинтез ДНК (репликация) осуществляется путём матричного синтеза при участии ферментов ДНК-полимераз совместно с большой группой вспомогат. белков и находится под контролем спец. регуляторных систем клетки. In vitro любой участок ДНК может быть амплифицирован с помощью полимеразной цепной реакции. В ходе репликации in vivo, а также после её окончания происходит метилирование небольшого числа определённых остатков цитозина с образованием 5-метилцитозина, представляющее собой специфич. процесс модификации ДНК, непосредственно связанный с её последующим функционированием. Метилирование и деметилирование ДНК играют важную роль в процессах эмбрио- и гаметогенеза.
В ходе жизнедеятельности организмов их ДНК под влиянием внешних факторов может подвергаться разл. повреждающим воздействиям, сопровождающимся нарушением структуры азотистых оснований. В ходе эволюции клетки выработали защитные механизмы, обеспечивающие восстановление исходной структуры – репарацию ДНК.
В клетке ДНК расщепляется специфич. ферментами – дезоксирибонуклеазами. Среди них наиболее известны эндонуклеазы рестрикции, защищающие клетку от чужеродной ДНК и широко применяемые в генетич. инженерии.
В нач. 1970-х гг. Ф. Сенгером и др. были разработаны эффективные методы определения последовательности нуклеотидов в молекулах ДНК (см. Секвенирование). В кон. 20 в. на основе этих методов создана мощная автоматизир. технология секвенирования ДНК, с помощью которой определена первичная структура ДНК полных геномов мн. вирусов, митохондрий, хлоропластов, бактерий, растений и животных. К 2004 было завершено определение нуклеотидной последовательности практически всего генома человека (более трёх млрд. п. н.). Эти работы стимулировали развитие биоинформатики и положили начало новому разделу молекулярной генетики – геномике.
Информация о нуклеотидных последовательностях ДНК широко используется при создании рекомбинантных ДНК – молекул с заданными свойствами, включающих структурные элементы ДНК разных организмов (см. Генетическая инженерия), а также при конструировании новых белков (см. Белковая инженерия). Знание первичной структуры ДНК важно при анализе наследств. и онкологич. заболеваний, идентификации личности (см. ДНК-типирование), при амплификации и выделении определённых генов, регуляторных элементов и др. функционально важных участков ДНК.
Наследственный материал человека, известный как дезоксирибонуклеиновая кислота, или ДНК, представляет собой длинную молекулу, содержащую информацию, необходимую организму для развития и размножения. ДНК находится в каждой клетке тела и передается от родителя к ребенку.
ДНК является самовоспроизводящимся материалом, который есть в каждом живом организме. Проще говоря, это носитель всей генетической информации. Он содержит своеобразные инструкции, необходимые организму для развития, роста, размножения. Это одна длинная молекула, которая содержит наш генетический «код». Этот «код» является отправной точкой для нашего развития, но влияние внешних факторов, таких как наш образ жизни, окружающая среда и питание, в конечном итоге формируют человека.
Из чего состоит ДНК?
ДНК состоит из молекул, известных как нуклеотиды. Каждый нуклеотид содержит сахарную и фосфатную группу, а также азотистые основания. Эти азотистые основания далее подразделяются на четыре типа, в том числе:
- аденин (А)
- цитозин (С)
- гуанин (G)
- тимин (T)
Структура ДНК представляет собой двухцепочечную спираль, и она напоминает вид витой лестницы. Сахар и фосфаты — это нуклеотидные нити, которые образуют длинные стороны. Основания азота — это ступеньки. Каждая ступенька на самом деле представляет собой два типа азотистых оснований, которые соединяются вместе, образуя целостную ступеньку и удерживая длинные нити нуклеотидов вместе.
Скачайте наглядный материал в большом разрешении
ДНК человека уникальна тем, что состоит из почти 3 миллиардов пар оснований, и около 99 процентов из них одинаковы для каждого человека. Тем не менее, именно последовательность этих оснований определяет, каким будет этот организм.
Подумайте о ДНК как об отдельных буквах алфавита — буквы объединяются друг с другом в определенном порядке, образуя слова, предложения и истории. Та же самая идея верна для ДНК: то, как азотистые основания упорядочены в последовательностях ДНК, формирует гены, которые «говорят» вашим клеткам, как производить белки. Рибонуклеиновая кислота (РНК), другой тип нуклеиновой кислоты, образуется в процессе транскрипции (при репликации ДНК). Функция РНК заключается в том, чтобы транслировать генетическую информацию из ДНК в белки, когда она декодируется рибосомой.
Как работает ДНК ?
ДНК содержит жизненно важную информацию, которая передается из поколения в поколение. Молекулы ДНК в ядре клетки плотно обвиваются, образуя хромосомы, которые помогают хранить важную информацию в виде генов.
ДНК работает путем копирования себя в эту одноцепочечную молекулу под названием РНК. РНК похожа на ДНК, но она содержит некоторые существенные молекулярные различия, которые выделяют ее. РНК действует как посланник, передавая жизненно важную генетическую информацию в клетке от ДНК через рибосомы для создания белков, которые затем образуют все живое.
Как была обнаружена ДНК?
ДНК была открыта в 1869 году швейцарским исследователем Фридрихом Мишером, который первоначально пытался изучить состав лимфоидных клеток (лейкоцитов). Вместо этого он выделил новую молекулу, которую он назвал нуклеин (ДНК с ассоциированными белками) из ядра клетки. Хотя Мишер был первым, кто определил ДНК как отдельную молекулу, несколько других исследователей и ученых внесли свой вклад в наше понимание ДНК в том виде, в каком мы ее знаем сегодня. И только в начале 1940-х годов роль ДНК в генетическом наследовании начали изучать и понимать.
Кто открыл ДНК?
Полный ответ на вопрос, кто открыл ДНК, сложен, потому что, по правде говоря, многие люди внесли свой вклад в то, что мы знаем об этом сейчас.
1866 — Грегор Мендель, известный как «Отец генетики», был фактически первым, кто предположил, что характеристики передаются из поколения в поколение. Мендель обосновал термины, которые мы все знаем сегодня: рецессивные и доминирующие признаки.
1869 — Фридрих Мишер идентифицировал «нуклеин», выделив молекулу из ядра клетки, которая впоследствии стала известна как ДНК.
1881 — лауреат Нобелевской премии немецкий биохимик Альбрехт Коссель, которому приписывают наименование ДНК, идентифицировал нуклеин как нуклеиновую кислоту. Он также выделил те пять азотистых оснований, которые в настоящее время считаются основными строительными блоками ДНК и РНК: аденин (A), цитозин ©, гуанин (G) и тимин (T) (который заменяется урацилом (U). ) в РНК).
1882 — Вскоре после открытия Косселя Вальтер Флемминг обнаружил митоз в 1882 году, став первым биологом, который выполнил полностью систематическое исследование деления хромосом. Его наблюдения, что хромосомы удваиваются, важны для позже обнаруженной теории наследования.
Начало 1900-х годов — Теодор Бовери и Уолтер Саттон независимо работали над тем, что сейчас известно как теория хромосом Бовери-Саттона или хромосомная теория наследования. Их выводы являются основополагающими в нашем понимании того, как хромосомы переносят генетический материал и передают его из поколения в поколение.
1944 — Освальд Эвери обосновал, что ДНК, а не белки, трансформируют свойства клеток.
1944 — 1950 — Эрвин Чаргафф обнаружил, что ДНК отвечает за наследственность. Его открытия, известные как «Правила Чаргаффа», доказали, что единицы гуанина и цитозина, а также единицы аденина и тимина одинаковы в двухцепочечной ДНК, и он также обнаружил, что ДНК различается у разных видов.
Конец 1940-х годов — Барбара Мак-Клинток обнаружила мобильность генов. Ее открытие «прыгающего гена» или идеи о том, что гены могут перемещаться по хромосоме, принесло ей Нобелевскую премию по физиологии.
1951 — работа Розалинд Франклин доказала спиральную форму ДНК, что было подтверждено Уотсоном и Криком почти два года спустя. Ее выводы были признаны только посмертно.
25 апреля 1953 — Уотсон и Крик, опираясь на достижения Чаргаффа и Франклин, опубликовали структуру двойной спирали ДНК. Этот день во всем мире отмечается как день ДНК.
Будущее ДНК
Мы проделали большой путь с точки зрения нашего понимания ДНК 150 лет назад. Но все же, многое еще предстоит изучить. Полное понимание ДНК всех живых существ может однажды способствовать решению таких проблем, как голод, эпидемии и изменение климата. Потенциал исследований действительно неограничен, и, мягко говоря, захватывающий.